Thời gian qua, việc vi phạm hành chính trong lĩnh vực tài nguyên và môi trường xảy ra ngày càng nhiều trên phạm vi cả nước với tính chất, mức độ tinh vi và hậu quả nghiêm trọng hơn; các tổ chức, cá nhân vi phạm có nhiều thủ đoạn đối phó, chống đối. Công tác thanh tra, kiểm tra, xử lý vi phạm ngày càng đòi hỏi tính kịp thời, chính xác và chất lượng ngày càng cao trong khi đó biên chế công chức làm công tác thanh tra còn thiếu. Khối lượng công việc chuyên môn rất lớn, phạm vi rộng, áp lực nhiều nhưng biên chế không tăng dẫn đến quá tải về công việc.  Khó khăn, vướng mắc xuất phát từ các quy định của pháp luật Về các quy định của Luật Thanh tra năm 2010: Luật quy định giao chức năng thanh tra chuyên ngành cho một số đơn vị, nhưng không thành lập tổ chức thanh tra trong các đơn vị này làm giảm chất lượng và hiệu quả hoạt động thanh tra chuyên ngành. Ngoài ra cũng làm phát sinh rất nhiều vấn đề liên quan đến chế độ, biên chế; hoạt động thanh tra chuyên ngành còn bị ràng buộc bởi nhiều thủ tục hành chính theo quy định của Luật Thanh tra như: phải có quyết định thanh tra, thông báo trước lịch làm việc cho đối tượng thanh tra, làm việc trong giờ hành chính làm hạn chế việc phát hiện các vi phạm hành chính. Về các quy định của Luật xử lý vi phạm hành chính: Khoản 3 Điều 60 Luật xử lý vi phạm hành chính, thời hạn tạm giữ tang vật để xác định giá trị không quá 24 giờ, kể từ thời điểm ra quyết định tạm giữ, trong trường hợp cần thiết có thể kéo dài thêm nhưng tối đa không quá 24 giờ, như vậy thời điểm giữ tang vật vi phạm hành chính tối đa không quá 48 giờ, vì vậy khi áp dụng quy định này trên thực tế gặp rất nhiều khó khăn vì thời gian tạm giữ ngắn (48 giờ), trong khi đó phải thành lập Hội đồng định giá để xác định giá trị tang vật vi phạm hành chính, Hội đồng thẩm định giá liên quan đến nhiều cơ quan, đơn vị và thực hiện nhiều thủ tục hành chính nên khó khăn cho cơ quan thẩm quyền xử phạt. Bên cạnh đó, các quy định về xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực tài nguyên và môi trường quy định mức xử phạt vi phạm hành chính bằng tiền là khá cao nên việc thi hành quyết định, nộp tiền phạt cũng gặp nhiều khó khăn, kéo dài thời gian thực hiện. Khó khăn, vướng mắc trong việc tổ chức thực hiện Luật xử lý vi phạm hành chính và các văn bản hướng dẫn thi hành  Thời gian qua, việc vi phạm hành chính trong lĩnh vực tài nguyên và môi trường xảy ra ngày càng nhiều trên phạm vi cả nước với tính chất, mức độ tinh vi và hậu quả nghiêm trọng hơn; các tổ chức, cá nhân vi phạm có nhiều thủ đoạn đối phó, chống đối. Công tác thanh tra, kiểm tra, xử lý vi phạm ngày càng đòi hỏi tính kịp thời, chính xác và chất lượng ngày càng cao trong khi đó biên chế công chức làm công tác thanh tra còn thiếu. Khối lượng công việc chuyên môn rất lớn, phạm vi rộng, áp lực nhiều nhưng biên chế không tăng dẫn đến quá tải về công việc. Trong hoạt động thanh tra, kiểm tra về tài nguyên và môi trường hiện nay còn thiếu các tài liệu hướng dẫn, quy trình hướng dẫn kỹ thuật thanh tra chuyên ngành cho các đối tượng, ngành nghề khác nhau; thiếu dữ liệu môi trường nền và chưa có cơ sở dữ liệu về đối tượng thanh tra phục vụ công tác thanh tra, kiểm tra, xử lý vi phạm hành chính về bảo vệ môi trường. Do đó, trên thực tế công tác thanh tra, kiểm tra còn gặp nhiều khó khăn, làm giảm hiệu quả của công tác thi hành xử lý vi phạm hành chính. Trong quá trình triển khai thực hiện các quy định của Luật xử lý vi phạm hành chính, còn có một số khó khăn, vướng mắc sau: Các đối tượng có hành vi vi phạm pháp luật sau khi bị xử phạt vi phạm hành chính đã cố tình không chấp hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính, trong khi đó Luật xử lý vi phạm hành chính đã có các biện pháp cưỡng chế thi hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính nhưng chưa đủ sức răn đe.