Bộ Tài nguyên và Môi trường đã xây dựng, trình cấp có thẩm quyền ban hành hoặc Bộ ban hành theo thẩm quyền quy định, đồng thời tại địa phương cũng đã triển khai đầy đủ 6 nhóm thủ tục hành chính về (1) hành nghề khoan thăm dò khai thác nước dưới đất; (2) giấp phép khai thác, sử dụng nước mặt, nước biển; (3) giấy phép thăm dò nước dưới đất; (4) giấy phép khai thác nước dưới đất (5) giấy phép xả nước thải vào nguồn nước (thủ tục này đã được điều chỉnh bởi Luật bảo vệ môi trường năm 2020); (6) tiền cấp quyền khai thác, sử dụng tài nguyên nước, 06 nhóm này được cụ thể với 13 thủ tục hành chính ở trung ương và 13 thủ tục hành chính ở địa phương.
Cho đến nay việc thực hiện Nghị quyết 36a/NQ-CP ngày 14 tháng 10 năm 2015 về Chính phủ điện tử đã thực hiện cải cách thủ tục hành chính, 100% được thực hiện trực tuyến ở các cấp độ 3 và 4. Đến hết tháng 7 năm 2021:
Ở Trung ương: Bộ Tài nguyên và Môi trường đã cấp 1.787 giấy phép tài nguyên nước cho các tổ chức và cá nhân, gồm: 113 giấy phép hành nghề khoan thăm dò khai thác nước dưới đất; 843 giấy phép khai thác sử dụng nước mặt, nước biển; 149 giấy phép thăm dò nước dưới đất; 277 giấy phép khai thác sử dụng nước dưới đất và 405 giấy phép xả nước thải vào nguồn nước. Qua công tác thẩm định các dịch vụ công trong lĩnh vực tài nguyên nước, tính từ năm 2012, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã thu gần 16 tỷ đồng nộp về ngân sách Nhà nước.
Ở địa phương: theo số liệu báo cáo tại 54 tỉnh đã cấp 23.794 Giấy phép tài nguyên nước cho các tổ chức và cá nhân, gồm: 577 giấy phép hành nghề khoan thăm dò khai thác nước dưới đất; 1.890 giấy phép khai thác sử dụng nước mặt, nước biển; 1.968 giấy phép thăm dò nước dưới đất; 9.439 giấy phép khai thác sử dụng nước dưới đất và 9.920 giấy phép xả nước thải vào nguồn nước.
