Nghị định số 55/2021/NĐ-CP thay thế Điều 10: “Điều 10. Vi phạm các quy định về thực hiện Giấy xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường"; Bổ sung Điều 13a vào trước điều 13: "Điều 13a. Vi phạm quy định về thực hiện quan trắc, giám sát môi trường"; Thay thế điểm b và bổ sung điểm d khoản 8 Điều 15; Thay thế điểm b và bổ sung điểm d khoản 9 Điều 16; Bãi bỏ điểm c khoản 4 Điều 27.
Theo nội dung của Nghị định số 55/2021/NĐ-CP bổ sung quy định về “Đối tượng áp dụng" tại Điều 2 Nghị định số 155/2016/NĐ-CP, tổ chức bị xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường theo Nghị định này bao gồm: a) Doanh nghiệp tư nhân, Công ty cổ phần, công ty trách nhiệm hữu hạn, công ty hợp danh và các đơn vị phụ thuộc doanh nghiệp (chi nhánh, văn phòng đại diện) được thành lập theo quy định của Luật Doanh nghiệp; b) Hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã được thành lập theo quy định của Luật Hợp tác xã; c) Nhà đầu tư nước ngoài, tổ chức kinh tế có vốn đầu tư nước ngoài, văn phòng đại diện, chi nhánh của thương nhân nước ngoài tại Việt Nam, văn phòng đại diện của tổ chức xúc tiến thương mại nước ngoài tại Việt Nam được thành lập theo quy định của Luật Đầu tư; d) Cơ quan nhà nước có hành vi vi phạm mà hành vi đó không thuộc nhiệm vụ quản lý nhà nước được giao; đ) Tổ chức chính trị - xã hội, tổ chức xã hội - nghề nghiệp; e) Các đơn vị sự nghiệp công lập; g) Các tổ chức khác theo quy định của pháp luật.
Nghị định số 55/2021/NĐ-CP cũng đã sửa đổi, bổ sung các hành vi phạm các quy định về thực hiện kế hoạch bảo vệ môi trường; thực hiện quyết định phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường; thực hiện Giấy xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường; bảo vệ môi trường trong hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ hoặc triển khai xây dựng dự án, phương án sản xuất, kinh doanh, dịch vụ mà không có kế hoạch bảo vệ môi trường hoặc báo cáo đánh giá tác động môi trường; thực hiện quan trắc, giám sát môi trường; vi phạm các quy định về xả nước thải có chứa các thông có môi trường nguy hại vào môi trường hoặc xả nước thải có chứa thông số vi sinh vật (Salmonclla, Shigella, Vibrio cholerae) theo quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về nước thải y tế hoặc xả nước thải có pH nằm ngoài ngưỡng quy chuẩn kỹ thuật; bảo vệ môi trường liên quan đến hoạt động xử lý chất thải nguy hại và thực hiện Giấy phép xử lý chất thải nguy hại; vi phạm các quy định trong phòng ngừa, ứng phó, khắc phục sự cố môi trường và bảo vệ môi trường đối với hóa chất, thuốc bảo vệ thực vật, thuốc thú y.
Các nội dung quy định tại các điều khoản khác của Nghị định số 155/2016/NĐ-CP cũng được thay thế, sửa đổi, bổ sung chi tiết tại Nghị định số 55/2021/NĐ-CP. Nghị định số 55/2021/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 10 tháng 7 năm 2021.
Đối với hành vi vi phạm hành chính về bảo vệ môi trường xảy ra trước ngày Nghị định số 55/2021/NĐ-CP có hiệu lực, bị phát hiện hoặc xem xét ra quyết định xử phạt khi Nghị định số 55/2021/NĐ-CP đã có hiệu lực và nếu Nghị định số 55/2021/NĐ-CP không quy định trách nhiệm pháp lý hoặc quy định trách nhiệm pháp lý nhẹ hơn thì áp dụng quy định của Nghị định số 55/2021/NĐ-CP.
Đối với quyết định xử phạt vi phạm hành chính đã được ban hành trước ngày Nghị định số 55/2021/NĐ-CP có hiệu lực thi hành, nhưng cá nhân, tổ chức bị xử phạt vi phạm hành chính còn khiếu nại thì áp dụng quy định của Luật Xử lý vi phạm hành chính.