Công ty TNHH phát triển Nội Bài là đơn vị kinh doanh cơ sở hạ tầng KCN Nội Bài, theo Báo cáo đánh giá tác động môi trường của Dự án ”Xây dựng và kinh doanh cơ sở hạ tầng Khu công nghiệp Nội Bài” đã được Bộ Khoa học công nghệ và môi trường phê duyệt, Công ty TNHH phát triển Nội Bài chỉ đầu tư xây dựng trạm xử lý nước thải sinh hoạt tập trung để xử lý nước thải sinh hoạt của các doanh nghiệp trong KCN và đã được Sở Tài nguyên và môi trường cấp Giấy phép xả nước thải vào nguồn nước theo quy định.
Theo Báo cáo đánh giá tác động môi trường được phê duyệt, Công ty TNHH phát triển Nội Bài không đầu tư xây dựng hệ thống xử lý nước thải công nghiệp tập trung, nước thải công nghiệp phát sinh trong quá trình hoạt động của các đơn vị do các đơn vị tự xử lý. Vì vậy, các doanh nghiệp có phát sinh nước thải công nghiệp trong KCN thuộc đối tượng phải lập hồ sơ cấp phép xả nước thải theo quy định.